Als u wijzigingen in Pure hebt gemaakt, zullen deze hier binnenkort zichtbaar zijn.

Persoonlijk profiel

Quote

Molecular simulations can act as a digital microscope. They allow us to observe how simple interactions between atoms and molecules give rise to intricate dynamics of molecular systems.

Research profile

Bart Markvoort is assistant professor in the Computational Biology group of the TU/e department of Biomedical Engineering. His research focuses on molecular simulations of self-assembly and self-organization processes in biologically relevant systems, with focus on both method development and application. His current research projects include molecular dynamics simulations of phospholipid membranes, proteins and DNA, as well as the modeling of supramolecular (co)polymerizations and nanoparticles using Monte Carlo techniques. He is also active in the fields of synthetic biology, DNA nanotechnology, bioinformatics, and multi-scale modeling.

Academic background

Bart Markvoort studied Applied Physics at Eindhoven University of Technology (TU/e, The Netherlands), where he obtained his Master's degree in the Theoretical Physics group on the subject of small angle x-ray scattering on asphaltenes. He then started PhD research in the Parallel Systems group of the TU/e department of Mathematics and Computer Science on the application of wavelets in parallelized density functional theory calculations. In 2006, he obtained his PhD for his thesis 'Towards Hybrid Molecular Simulations' under the supervision of professors Peter Hilbers and Thijs Michels. He then was appointed in his current position as assistant professor in the Computational Biology group of the TU/e, heading the molecular simulations subgroup. As of 2010 he is also a member of the Institute for Complex Molecular Systems at TU/e.

Vingerafdruk Duik in de onderzoeksthema's waar A.J. (Bart) Markvoort actief is. Deze onderwerplabels komen voort uit het werk van deze persoon. Samen vormen ze een unieke vingerafdruk.

  • 9 Vergelijkbare profielen
Monomers Chemische stoffen
Polymers Chemische stoffen
Molecular dynamics Chemische stoffen
Self assembly Chemische stoffen
Thermodynamics Chemische stoffen
Copolymerization Chemische stoffen
molecular dynamics Fysica en Astronomie
Amplification Chemische stoffen

Netwerk Recente externe samenwerking op landenniveau. Duik in de details door op de stippen te klikken.

Onderzoeksoutput 1996 2020

5 Downloads (Pure)

Proximity-induced caspase-9 activation on a DNA origami-based synthetic apoptosome

Rosier, B., Markvoort, B., Gumi Audenis, B., Roodhuizen, J., den Hamer, A., Brunsveld, L. & de Greef, T. F. A., 6 jan 2020, In : Nature Catalysis. 12 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftTijdschriftartikelAcademicpeer review

Open Access
Apoptosomes
Caspase 9
DNA
Protein Engineering
Multiprotein Complexes
15 Downloads (Pure)

Counterion-dependent mechanisms of DNA origami nanostructure stabilization revealed by atomistic molecular simulation

Roodhuizen, J., Hendrikx, P. J. T. M., Hilbers, P. A. J., de Greef, T. & Markvoort, B., 10 sep 2019, In : ACS Nano. 13, 9, blz. 10798-10809 12 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftTijdschriftartikelAcademicpeer review

Open Access
Bestand
helices
Nanostructures
DNA
deoxyribonucleic acid
Stabilization
2 Citaties (Scopus)
9 Downloads (Pure)

Detailed approach to investigate thermodynamically controlled supramolecular copolymerizations

de Windt, L. N. J., Kulkarni, C., ten Eikelder, H. M. M., Markvoort, A. J., Meijer, E. W. & Palmans, A. R. A., 8 okt 2019, In : Macromolecules. 52, 19, blz. 7430-7438 9 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftTijdschriftartikelAcademicpeer review

Open Access
Bestand
Copolymerization
Benzene
Monomers
Copolymers
Homopolymerization
4 Citaties (Scopus)
21 Downloads (Pure)

Equilibrium model for supramolecular copolymerizations

ten Eikelder, H., Adelizzi, B., Palmans, A. & Markvoort, B., 1 aug 2019, In : Journal of Physical Chemistry B. 123, 30, blz. 6627-6642 16 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftTijdschriftartikelAcademicpeer review

Open Access
Bestand
Copolymerization
Copolymers
Monomers
Free energy
Polymers
8 Downloads (Pure)

Mass-balance models for scrutinizing supramolecular (co)polymerizations in thermodynamic equilibrium

ten Eikelder, H. M. M. & Markvoort, A. J., 22 nov 2019, In : Accounts of Chemical Research. 52, 12, blz. 3465-3474 10 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftTijdschriftartikelAcademicpeer review

Open Access
Bestand
Copolymerization
Monomers
Thermodynamics
Polymers
Agglomeration

Cursussen

Moleculaire modellering

1/09/15 → …

Cursus

OGO Genexpressie

1/09/13 → …

Cursus

Programmeren en genomics

1/09/15 → …

Cursus

Project Computational biology

1/09/1431/08/20

Cursus

Pers/media

Definition Of Cohesion In Biology

A.J. Markvoort & T.F.A. de Greef

26/04/17

1 item van Media-aandacht

Pers / media: Vakinhoudelijk commentaar

Resolution Definition Biology

A.J. Markvoort & T.F.A. de Greef

26/04/17

1 item van Media-aandacht

Pers / media: Vakinhoudelijk commentaar

What Does Atp Mean In Biology

A.J. Markvoort & T.F.A. de Greef

26/04/17

1 item van Media-aandacht

Pers / media: Vakinhoudelijk commentaar

Scriptie

(Ultra-) Small angle X-ray scattering on asphaltenes : mathematical modelling and physical conclusions

Auteur: Markvoort, A. J., 30 apr 1997

Begeleider: Michels, M. (Afstudeerdocent 1) & Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/masterproef: Master

Bestand

Cationic stabilization of DNA origami investigated through atomistic simulations

Auteur: Hendrikx, P., 29 nov 2018

Begeleider: Roodhuizen, J. (Afstudeerdocent 1), Markvoort, B. (Afstudeerdocent 2), de Greef, T. (Afstudeerdocent 2) & Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/masterproef: Master

Cholesterol and bio-membranes influence on membrane dynamics and stability

Auteur: van den Heuvel, F., 28 feb 2005

Begeleider: Hilbers, P. (Afstudeerdocent 1), Markvoort, A. (Afstudeerdocent 2), Pieterse, K. (Afstudeerdocent 2), van Steenhoven, A. (Afstudeerdocent 2) & Kuijpers, N. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/masterproef: Master

Dynamic behaviour of the ß2-adrenergic receptor: approach and study using molecular dynamics

Auteur: Spijker, P., 31 dec 2004

Begeleider: Hilbers, P. (Afstudeerdocent 1), Meijer, E. (Afstudeerdocent 2), van Santen, R. (Afstudeerdocent 2), Vaidehi, N. (Externe persoon) (Externe coach), Merkx, M. (Afstudeerdocent 2), Pieterse, K. (Afstudeerdocent 2) & Markvoort, A. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/masterproef: Master

Mapping the homunculus in sensorimotor cortex using fMRI

Auteur: Bakker, C., 28 sep 2017

Begeleider: Pluim, J. (Afstudeerdocent 1), Cheplygina, V. (Afstudeerdocent 2), Markvoort, A. (Afstudeerdocent 2) & Schellekens, W. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/masterproef: Master