• Groene Loper, Building 15, Gemini South (room 2.106)

    5612 AZ Eindhoven

    Nederland

Organisatieprofiel

Introductie / missie

Constructing computational models to improve the knowledge of diseases, biomedical processes and structures

Highlighted phrase

Describing, understanding and ultimately controlling life's processes

Over de organisatie

The research group Computational Biology develops computational models that help to obtain qualitative and quantitative knowledge of diseases, biomedical processes and structures. The computational models are developed based on a thorough understanding of molecular modeling methods, data analysis techniques,  machine learning, systems biology, and parameter estimation techniques. Next to data obtained through collaborations and partnerships with other university groups, companies and hospitals, within the Synthetic Biology arena data is also achieved by own experiments. Topics of research are, amongst others, biomembranes, protein interactions, complex biochemical networks, and diseases like metabolic syndrome, diabetes mellitus and cancer. The group also puts efforts in enhancing the shift from ‘describing’ life’s processes to ‘understanding’ them and ‘capturing’ them in validated predictive models, and even ‘managing’ or ‘controlling’ them in real life. Research themes of the group are Molecular Simulations, Systems Biology, Synthetic Biology, Bioinformatics and Mathematical Modeling.

Vingerafdruk Duik in de onderzoeksthema's waar Computational Biology actief is. Deze onderwerplabels komen voort uit het werk van deze leden van de organisatie. Samen vormen ze een unieke vingerafdruk.

Model checking Engineering en materiaalwetenschappen
Polymers Chemische stoffen
Self assembly Chemische stoffen
Computer Simulation Medicijnen en Levenswetenschappen
Systems Biology Medicijnen en Levenswetenschappen
Monomers Chemische stoffen
Muscles Medicijnen en Levenswetenschappen
Polymerization Chemische stoffen

Netwerk Recente externe samenwerking op landenniveau. Duik in de details door op de stippen te klikken.

Onderzoeksoutput 1982 2019

A computational model of postprandial adipose tissue lipid metabolism derived using human arteriovenous stable isotope tracer data

O'Donovan, S. D., Lenz, M., Vink, R. G., Roumans, N. J. T., de Kok, T. M. C. M., Mariman, E. C. M., Peeters, R. L. M., van Riel, N. A. W., van Baak, M. A. & Arts, I. C. W., 3 okt 2019, In : PLoS Computational Biology. 15, 10, 23 blz., e1007400.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftTijdschriftartikelAcademicpeer review

Open Access
Lipid Metabolism
Radioactive tracers
isotope labeling
Isotopes
lipid metabolism
2 Downloads (Pure)

A DNA-based synthetic apoptosome

Rosier, B., Markvoort, B., Gumi Audenis, B., Roodhuizen, J., Brunsveld, L. & de Greef, T. F. A., 2019, (Geaccepteerd/In druk) In : Nature Catalysis.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftTijdschriftartikelAcademicpeer review

Open Access
Apoptosomes
Caspase 9
DNA
Proteins
Enzymes
59 Downloads (Pure)

A multilayer microfluidic platform for the conduction of prolonged cell-free gene expression

van der Linden, A., Pieters, P., Yelleswarapu, M., Swank, Z., Huck, W. T. S., Maerkl, S. & de Greef, T., 1 okt 2019, In : Journal of Visualized Experiments (JoVE). 152, 14 blz., e59655.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftTijdschriftartikelAcademicpeer review

Open Access
Bestand
Lab-On-A-Chip Devices
Microfluidics
Transcription
Gene expression
Multilayers

Prijzen

AMC Principal Investigator

Natal van Riel (Ontvanger), 1 mei 2016

Prijs: AndersWerk, activiteit of publicatie gerelateerde prijzen (lifetime, best paper, poster etc.)Wetenschappelijk

Best poster award

Yvonne Rozendaal (Ontvanger), 28 okt 2016

Prijs: AndersWerk, activiteit of publicatie gerelateerde prijzen (lifetime, best paper, poster etc.)Wetenschappelijk

Heart Neoplasms
Practice Guidelines
Chronic Disease
Stroke
Myocardial Infarction

Activiteiten 1999 2018

Personalized modelling of bile acid metabolism: predicting metabolic effects of bariatric surgery

Natal van Riel (Spreker)
6 jul 2018

Activiteit: Types gesprekken of presentatiesGenodigd sprekerWetenschappelijk

A physiology based glucose-insulin-GLP-1 model: explaining changes observed after Roux-en-Y gastric bypass

L.C.P. Thijssen (Spreker), Natal van Riel (Deelnemer)
15 mei 2018

Activiteit: Types gesprekken of presentatiesAangemelde presentatieWetenschappelijk

4th Dutch Bioinformatics & Systems Biology Conference

Natal van Riel (Organisator)
15 mei 201816 mei 2018

Activiteit: Types deelname aan of organisatie van een evenementCongresWetenschappelijk

Pers/media

Young Academy welcomes Liesbeth Janssen

Carlijn V.C. Bouten & Tom F.A. de Greef

10/12/19

1 item van Media-aandacht

Pers / media: Vakinhoudelijk commentaar

Virtual Patients Help Improve Blue Light Treatment for Psoriasis

Natal A.W. van Riel & Peter A.J. Hilbers

13/08/19

1 item van Media-aandacht

Pers / media: Vakinhoudelijk commentaar

Impacts

Bioinformatics and Mathematical Modelling

Rina van Dijck - Postma (Content manager), Sylvia van Beek - Verschure (Content manager), Lieke van Gorp (Content manager), Amy Broeders (Content manager)

Impact: Research Topic/Theme (at group level)

Brain Image Analysis

Josien P.W. Pluim (Content manager), Rina van Dijck - Postma (Content manager), Sylvia van Beek - Verschure (Content manager), Lieke van Gorp (Content manager), Amy Broeders (Content manager)

Impact: Research Topic/Theme (at group level)

Cardiovascular Image Analysis

Josien P.W. Pluim (Content manager), Rina van Dijck - Postma (Content manager), Sylvia van Beek - Verschure (Content manager), Lieke van Gorp (Content manager), Amy Broeders (Content manager)

Impact: Research Topic/Theme (at group level)

Scripties/masterproeven

A computational biology framework: a data analysis tool to support biomedical engineers in their research

Auteur: Beishuizen, T., 29 nov 2018

Begeleider: Bosnacki, D. (Afstudeerdocent 1), Cheplygina, V. (Afstudeerdocent 2), Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2), Fletcher, G. (Afstudeerdocent 2) & Vanschoren, J. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/masterproef: Master

A physiology based glucose-insulin-GLP-1 model: explaining changes observed after Roux-en-Y gastric bypass

Auteur: Thijssen, L., 30 aug 2018

Begeleider: Sips, F. (Afstudeerdocent 1), Yildirim, V. (Afstudeerdocent 2), van Riel, N. (Afstudeerdocent 2) & Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/masterproef: Master

Biomarkers as predictor of quality of life in bariatric patients

Auteur: Schouten, J., 31 jan 2019

Begeleider: Hilbers, P. (Afstudeerdocent 1), van Riel, N. (Afstudeerdocent 2), Scharnhorst, V. (Afstudeerdocent 2), van Loon, S. (Afstudeerdocent 2) & Deneer, R. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/masterproef: Master