Biomedical Imaging & Modeling

Scripties/Masterproeven

0D lumped approach to incorporate the dynamic part of the pressure at vessel junctions in a 1D wave propagation model

Auteur: van den Boom, T., 18 jan 2018

Begeleider: Huberts, W. (Afstudeerdocent 1) & van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

3D medical image segmentation with labeled and unlabeled data using autoencoders

Auteur: Sital, C., 28 nov 2019

Begeleider: Raaijmakers, A. (Afstudeerdocent 1), Weese, J. (Externe persoon) (Externe coach) & Brosch, T. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

A computational biology framework: a data analysis tool to support biomedical engineers in their research

Auteur: Beishuizen, T., 29 nov 2018

Begeleider: Bosnacki, D. (Afstudeerdocent 1), Cheplygina, V. (Afstudeerdocent 2), Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2), Fletcher, G. (Afstudeerdocent 2) & Vanschoren, J. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

A constitutive material model to describe the mechanical behavior of human skin in shear, tensile and indentation tests

Auteur: Rooijakkers, T., 31 aug 2017

Begeleider: Oomens, C. (Afstudeerdocent 1), Loerakker, S. (Afstudeerdocent 2), Lopata, R. (Afstudeerdocent 2) & Soetens, J. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

A deeper understanding of RDS and the LISA-procedure: signal analysis and modelling approach

Auteur: Geurten, L., 28 feb 2019

Begeleider: Bovendeerd, P. (Afstudeerdocent 1), Andriessen, P. (Externe coach) & van Pul, C. (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

A monolithic fluid-structure interaction model to study pulse wave propagation in aortic dissections

Auteur: Boschman, A., 19 dec 2019

Begeleider: van de Vosse, F. N. (Afstudeerdocent 1), Huberts, W. (Afstudeerdocent 2), van 't Veer, M. (Afstudeerdocent 2), van Brummelen, E. (. (Afstudeerdocent 2) & Verhoosel, C. V. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Analyzing the relation between brain lesions and short association fibers using diffusion MRI

Auteur: Kamps, J., jun 2017

Begeleider: Sepasian, N. (Afstudeerdocent 1), Fuster, A. (Afstudeerdocent 2) & Pluim, J. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

An in-silico imaging system based on k-Wave for multi-perspective ultrasound imaging of abdominal aortic aneurysms

Auteur: Nooijens, S., 31 jan 2019

Begeleider: van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 1), Lopata, R. (Afstudeerdocent 2), Oomens, C. (Afstudeerdocent 2), Petterson, N. (Afstudeerdocent 2) & Bouwman, R. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

A novel in vitro flow model for testing mechanical heart valve anticoagulant therapies

Auteur: Devos, M., 29 aug 2019

Begeleider: van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 1)

Scriptie/Masterproef: Master

A physiologically representative in vitro model of the coronary circulation

Auteur: Bohté, V., 31 aug 2002

Begeleider: Baaijens, F. (Afstudeerdocent 1), Pijls, N. (Afstudeerdocent 2), Rutten, M. (Afstudeerdocent 2), van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 2) & de Bruyne, B. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

A physiology based glucose-insulin-GLP-1 model: explaining changes observed after Roux-en-Y gastric bypass

Auteur: Thijssen, L., 30 aug 2018

Begeleider: Sips, F. (Afstudeerdocent 1), Yildirim, V. (Afstudeerdocent 2), van Riel, N. (Afstudeerdocent 2) & Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

A predictive numerical model for myocardial temperature during intracoronary hypothermia in acute myocardial infarction

Auteur: van Willigen, B., 31 aug 2017

Begeleider: van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 1) & Otterspoor, L. C. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Assessing strain and damage in cartilage explants with ultrasound

Auteur: Stavenuiter, I., 31 jan 2019

Begeleider: Ito, K. (Afstudeerdocent 1), van Donkelaar, R. (Afstudeerdocent 2), Lopata, R. (Afstudeerdocent 2) & van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Assessment of the hemodynamics in the coronary circulation: an in-vitro study

Auteur: Hoogenbosch, T., 29 aug 2019

Begeleider: Rutten, M. (Afstudeerdocent 1)

Scriptie/Masterproef: Master

A three dimensional patient-specific cardiovascular fluid dynamics model to access the pressure drop over iliac artery stenoses

Auteur: van den Elzen, M., 19 dec 2019

Begeleider: van de Vosse, F. N. (Afstudeerdocent 1), Huberts, W. (Afstudeerdocent 2) & Gijsen, F. J. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Automated spinous process segmentation in X-ray images using convolutional neural networks

Auteur: Roodhorst, S., 17 dec 2018

Begeleider: Pluim, J. (Afstudeerdocent 1) & Walsum, van, T. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Bioactive glass granules as bone graft substitute in osteomyelitic defects: application in load-bearing defects and a 2-year case study

Auteur: Gabriels, F., 26 jun 2017

Begeleider: Ito, K. (Afstudeerdocent 1), van Rietbergen, B. (Afstudeerdocent 2), Arts, J. (Externe coach), Geurts, J. A. (Externe persoon) (Externe coach), Bovendeerd, P. (Afstudeerdocent 2) & van Gestel, N. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Biomarkers as predictor of quality of life in bariatric patients

Auteur: Schouten, J., 31 jan 2019

Begeleider: Hilbers, P. (Afstudeerdocent 1), van Riel, N. (Afstudeerdocent 2), Scharnhorst, V. (Afstudeerdocent 2), van Loon, S. (Afstudeerdocent 2) & Deneer, R. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Blood volume regulation during extracorporeal life support (ECLS) and while using an intra-aortic balloon pump (IABP) measured in a mock circulation loop (MCL)

Auteur: Peeters, K., 28 nov 2019

Begeleider: van de Vosse, F. N. (Afstudeerdocent 1), Rutten, M. C. (Afstudeerdocent 2), Bovendeerd, P. H. (Afstudeerdocent 2), Rosalina, T. T. (Afstudeerdocent 2) & de Jong, A. M. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Brain blood perfusion and white matter integrity in accelerated cognitive ageing patiens with epilepsy

Auteur: Stevens, J., 31 okt 2019

Begeleider: Breeuwer, M. (Afstudeerdocent 1), Pluim, J. (Afstudeerdocent 2), Aldenkamp, A. (Afstudeerdocent 2), Zinger, S. (Afstudeerdocent 2), Mestrom, R. (Afstudeerdocent 2) & Bernas, A. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Canonical correlation analysis on microbial and metabolite data of individuals with metabolic syndrome

Auteur: van der Stam, J., 19 jan 2019

Begeleider: Hilbers, P. (Afstudeerdocent 1), van Riel, N. (Afstudeerdocent 2), Veta, M. (Afstudeerdocent 2), Levin, E. (Externe persoon) (Externe coach) & Nieuwdorp, M. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Cationic stabilization of DNA origami investigated through atomistic simulations

Auteur: Hendrikx, P., 29 nov 2018

Begeleider: Roodhuizen, J. (Afstudeerdocent 1), Markvoort, B. (Afstudeerdocent 2), de Greef, T. (Afstudeerdocent 2) & Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Causal candidate genes identification for familial hypercholesterolemia family based on whole-genome sequencing

Auteur: Wang, Q., 31 aug 2017

Begeleider: Hilbers, P. (Afstudeerdocent 1), van Riel, N. (Afstudeerdocent 2), Hovingh, K. (Externe persoon) (Externe coach), Bosnacki, D. (Afstudeerdocent 2) & Veta, M. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Clustered tumor phenotypes and resectability prediction for PDA using radiomic feature analysis

Auteur: Janse, M. H., 27 sep 2018

Begeleider: de With, P. (Afstudeerdocent 1), Pluim, J. (Afstudeerdocent 2), Zinger, S. (Afstudeerdocent 2) & Hermans, J. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Comparing heart assist devices, using a lumped parameter model and mock-loop

Auteur: van de Meerakker, T., 30 jan 2020

Begeleider: van de Vosse, F. N. (Afstudeerdocent 1), Rutten, M. C. (Afstudeerdocent 2), van Dort, D. (Externe persoon) (Externe coach), Foolen, J. (Afstudeerdocent 2) & Peij, K. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Bestand

Computing the macrostructural force-length relationship from microstructural fiber network architecture

Auteur: Brouns, K., 28 sep 2017

Begeleider: van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 1), Arts, J. (Afstudeerdocent 2), Heusinkveld, M. (Externe coach), Reesink, K. (Externe coach) & Spronck, B. (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Content based CT retrieval for pulmonary nodules: deep metric learning based feature extraction

Auteur: Aerts, T., 28 feb 2019

Begeleider: Menkovski, V. (Afstudeerdocent 1), Holenderski, M. (Afstudeerdocent 2) & Veta, M. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Bestand

Convolutional neural networks for detection of metastases in patients diagnosed with breast cancer

Auteur: Nijhof, T., 25 jan 2018

Begeleider: Pluim, J. (Afstudeerdocent 1)

Scriptie/Masterproef: Master

Coupling of an enzymatic actuator to an oscillating PEN-based DNA network

Auteur: Nijenhuis, M., 25 jan 2018

Begeleider: Meijer, L. (Afstudeerdocent 1), de Greef, T. (Afstudeerdocent 2) & Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Creating a non-linear response in dCas9-based gene repression: tuning the sgRNA concentration with the use of enzymatic coupled degradation

Auteur: Uittenbogaard, P., 20 mei 2019

Begeleider: Hilbers, P. (Afstudeerdocent 1), de Greef, T. (Afstudeerdocent 2), Ottmann, C. (Afstudeerdocent 2) & Dubuc, E. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

CycleGAN for coronay vessel segmentation

Auteur: van den Bosch, P., 29 aug 2019

Begeleider: Pluim, J. (Afstudeerdocent 1), Bovendeerd, P. (Afstudeerdocent 2), Veta, M. (Afstudeerdocent 2) & Oliván-Bescós, J. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Data mining and analysis for the insulin signalling pathway

Auteur: Rozendaal, Y., jul 2011

Begeleider: Çölmekçi, C. (Afstudeerdocent 1) & van Riel, N. (Afstudeerdocent 1)

Scriptie/Masterproef: Bachelor

Deep learning approaches for prostate cancer detection and grading in Bi-parametric MRI

Auteur: de Vente, C., 29 aug 2019

Begeleider: Veta, M. (Afstudeerdocent 1), Vos, P. (Externe persoon) (Externe coach), van Riel, N. (Afstudeerdocent 2) & Pluim, J. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Deep learning for the detection of cerebral microinfarcts in MR images

Auteur: Volmer, L., 31 okt 2019

Begeleider: Pluim, J. (Afstudeerdocent 1), Veta, M. (Afstudeerdocent 2) & van Riel, N. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Design of a DNA-based tension probe for the quantification of cellular traction forces at a molecular level

Auteur: van der Putten, C., 25 jan 2018

Begeleider: Kurniawan, N. (Afstudeerdocent 1), de Greef, T. (Afstudeerdocent 2) & Bouten, C. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Determine and quantify aortic valve regurgitation based on continuous infusion thermodilution: an experimental and computational study

Auteur: Dietzenbacher, P., 25 okt 2018

Begeleider: Rutten, M. (Afstudeerdocent 1)

Scriptie/Masterproef: Master

Diffusion tensor residuals as a potential biomarker for brain tissue damage

Auteur: van Rijn, A., 23 apr 2020

Begeleider: Pluim, J. P. (Afstudeerdocent 1), Leemans, A. L. (Externe persoon) (Externe coach) & De Luca, A. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

DNA-based molecular tension sensors for the quantification of cellular traction forces

Auteur: Somers, B., 29 mrt 2018

Begeleider: de Greef, T. (Afstudeerdocent 1) & Merkx, M. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Downstream coupling of PEN-based chemical reaction networks

Auteur: van der Zee, D., 31 aug 2017

Begeleider: van Roekel, H. (Afstudeerdocent 1) & de Greef, T. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

ECLS on heart failure patients: a mock circulation model

Auteur: Cornelisse, Y., 22 feb 2018

Begeleider: Rutten, M. (Afstudeerdocent 1)

Scriptie/Masterproef: Master

Estimating boundary conditions for a 1D pulse wave propagation model with detailed cerebral arterial networks

Auteur: Franz, J., 25 jan 2018

Begeleider: van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 1), Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2), Mess, W. H. (Externe persoon) (Externe coach), Huberts, W. (Afstudeerdocent 2), Gommer, E. (Externe coach) & Stevens, R. (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Expanding ADAPT to model heterogeneous datasets and application to hyperinsulinemic euglycemic clamp data

Auteur: van Beek, P., 30 aug 2018

Begeleider: van Riel, N. (Afstudeerdocent 1), Hilbers, P. (Afstudeerdocent 2), Sips, F. (Afstudeerdocent 2) & Rozendaal, Y. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Experimental verification of a 4-D CFD simulation of the left ventricular pump function

Auteur: Hagelaars, M., 25 jan 2018

Begeleider: van de Vosse, F. (Afstudeerdocent 1), Rutten, M. (Afstudeerdocent 2), Lopata, R. (Afstudeerdocent 2), Loerakker, S. (Afstudeerdocent 2) & Hoeijmakers, M. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master

Extensive bioinformatics analyses in genetically undiagnosed Familial Hypercholesterolemia patients to identify new pathogenic variants that affect splicing of the Low Density Lipoprotein Receptor transcript

Auteur: Balvers, M., 19 dec 2019

Begeleider: van Riel, N. A. (Afstudeerdocent 1), Hilbers, P. A. (Afstudeerdocent 2) & Reeskamp, L. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Effect of SNR and user-defined tractography parameters on group analyses of diffusion tensor metrics

Auteur: Vos, I., 27 feb 2020

Begeleider: Breeuwer, M. (Afstudeerdocent 1), Leemans, A. L. (Externe persoon) (Externe coach) & De Luca, A. (Externe persoon) (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

Feasibility of a model for non-invasive estimation of intracranial pressure using data assimilation

Auteur: Vijgeboom, Y., 27 feb 2020

Begeleider: Huberts, W. (Afstudeerdocent 1), Stevens, R. R. (Externe coach), van de Vosse, F. N. (Afstudeerdocent 2), Mess, W. H. (Externe persoon) (Externe coach) & Gommer, E. D. (Externe coach)

Scriptie/Masterproef: Master

From hyperspectral data cube to tumor prediction

Auteur: Weijtmans, P., 20 jun 2019

Begeleider: Pluim, J. (Afstudeerdocent 1) & Shan, C. (Afstudeerdocent 2)

Scriptie/Masterproef: Master